Mit der Vielfalt der verschiedenen Strahler bietet die Mikrowellenbehandlung ein vielfältiges Anwendungsgebiet. Die produzierte Wärme kann reduziert werden, indem der Abstand zwischen dem Strahler und der Behandlungsstelle vergrößert wird.

Die Mikrowellenstrahlung kann fokussiert werden und eignet sich daher hervorragend zur Behandlung lokal spezifischer Körperteile. Daher ist es besonders geeignet für HNO-, Zahn- und kieferorthopädische Medizin. Für diese Einsatzgebiete werden Mikrowellen gegenüber Kurzwellen bevorzugt.

Innerhalb des Körpers führen Mikrowellen thermische (d.h. Wärme) und extrathermische (d.h. Vibrationen) physikalisch-chemische Prozesse aus.